一、办公室（政策法规处）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担后勤服务、安全、保密、信访、政务公开、新闻发布(宣传)、查办督办、规章制度制定和实施工作；承担重大突发事件应急综合管理和行政审批有关工作；指导农业系统涉外工作；牵头协调委系统和农业行业安全生产。
组织拟订农业产业发展意见，提出农业产业保护和发展意见建议；组织实施农业执法监督工作；对其他部门起草的规范性文件中有关农业的条款提出意见；指导农业行政执法体系建设和农业法制宣传教育；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作。
二、人事处
承办机关及直属单位的机构编制、人事管理工作；负责机关人才流动与管理、各类专家的选拔、推荐工作；负责机关、事业单位劳动工资管理工作；负责全市农业系列中级技术职称评审和直属单位农业技术职称的评聘有关工作；组织实施农业行业特有工种职业技能鉴定标准；指导全市农业行业工人技术等级考核工作；负责机关退休干部工作。
三、计划与财务处
拟订全市农业经济发展战略及中长期发展规划，编制年度计划，协调农业各产业间的结构调整与综合平衡工作；承办农业基本建设项目申报；提出扶持农业发展的财政政策和项目建议，经批准后与财政局共同制定实施方案并指导实施；承担市级农业固定资产投资的相关工作；负责机关财务会计工作，管理机关各项资金；提出有关农业发展的财政、信贷及保险等有关政策建议；编制部门预算并组织执行；监督、管理直属单位财务和国有资产；负责农业系统内部审计和指导全市农业资源区划工作。
四、市场信息处（农产品质量安全监督处）
拟订全市大宗农产品市场体系、农业生产资料市场体系建设规划并组织实施；提出大宗农产品和重要农业生产资料的流通政策建议；承担农业统计有关工作，发布农业和农村经济信息，指导农业信息服务；承担培育、保护和发展农产品品牌有关工作，指导开展国内省内农产品展示展销活动；负责综合农业经济情况，掌握农村动态；组织有关综合性的业务报告、文件的起草。
组织协调农业投入品的质量检验，拟订并实施农产品技术和质量标准；组织实施农产品质量安全监测和信息发布；承担依法实施符合安全标准的农产品质量认定和监管工作。
五、科技教育处
拟订农业科教、技术推广发展规划；承担农业科技项目的遴选及实施工作；承担农业科技园区与农业产业技术体系的相关工作；管理农业科技成果，承担农业科研、技术引进、成果转化和推广工作；实施农业新品种、新技术、新模式更新工程；负责农业野生植物资源保护、农业植物新品种保护及农业转基因生产加工许可和安全监督管理工作；指导农业技术推广体系建设与农业教育、农业职业技能开发、农民培训和农村实用人才队伍建设工作。
六、农业处（农业生态环境保护与农村能源处）
拟订并组织实施种植业发展规划，指导种植业结构调整，研究提出种植业发展政策建议；拟订农业产业化基地建设、龙头企业发展规划，指导全市农业产业化工作；研究提出扶持农业产业化经营、优势特色产业的政策意见并组织实施；负责现代农业产业园区建设与管理工作；实施耕地保护、补偿与改良的政策措施；发布农情信息，及时掌握阶段性农业生产情况；指导农业抗灾减灾，负责救灾资金、化肥、备荒种子等管理；组织实施种植业发展的重大技术措施；指导全市农技推广队伍建设。
指导农业生态环境保护、农村可再生能源综合开发利用工作；负责农作物秸秆综合利用工作；指导生态农业、循环农业和农村节能减排工作；承担指导农业面源污染治理和农业生产、农村生活污水治理有关工作；指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农业生物物种资源的保护和管理；参与农业生态环境质量监测评价工作。
七、园艺处（观光农业指导处）
拟订园艺业发展规划并组织实施；指导园艺业结构调整和技术推广工作；组织实施园艺业技术标准；负责全市蔬菜、果树和花卉新品种的认定和审定工作；指导蔬菜、果树、花卉和食用菌等种子生产的管理工作；协调菜篮子工程建设；指导园艺技术推广队伍建设；指导休闲观光农业建设工作。
八、畜牧兽医处
拟订并组织实施畜牧业发展规划和畜牧兽医重大技术措施；负责种畜禽、牧草、饲料和饲料添加剂、兽医医改、兽药药政管理；负责动物防疫监督、动物及其产品的检疫与监督管理；研究提出畜牧业发展和行业管理的政策建议；拟订畜牧兽医行业标准和动物福利政策并组织实施；指导全市畜牧业结构调整和畜牧兽医队伍建设。
九、重大动物疫病防控办公室
拟订并组织实施重大动物疫病防疫计划、应急预案和重大技术措施，负责突发重大动物疫情和突发人畜共患病疫情的应急响应，组织扑灭动物疫情；负责重大动物疫情的报告、发布和防控监督；指导重大动物疫病防控应急队伍建设和物资储备；承担市防治重大动物疫病指挥部办公室日常工作。
十、渔业处
负责编制全市渔业发展规划并组织实施；承担渔业开发综合管理和协调的有关工作；组织指导全市渔业产业结构调整和产业化经营工作；承担水产种苗的有关管理工作；参与渔业资源保护工作；组织实施有关渔业专项证制度；指导水产技术推广、病害防治服务体系建设。
十一、渔政渔监处
贯彻执行有关渔业的法律法规；协调全市渔业综合执法工作；指导本系统执法体系建设；开展有关法律、法规宣传教育；组织实施有关渔业特许证制度；指导渔港监督、渔船检验、渔业无线电管理和渔业安全生产工作；协同有关部门做好有关行政事业性收费管理工作；负责渔业执法队伍的培训和渔业资源环保工作。