市农业农村局设下列内设机构：
（一）办公室。负责机关日常运转，承担信息、保密、信访、政务公开、新闻宣传、后勤保障、安全保卫、舆情管控等工作；承担综合性文稿起草工作；负责局重要事项的督办工作。
（二）市委农办秘书处（农村社会事业促进处）。负责处理市委农办日常事务；组织开展“三农”重大问题政策研究；统筹农村人居环境整治有关工作；负责协调落实市委农村工作领导小组对“三农”工作重大决定部署的综合考核；提出改善农村人居环境、农村社会事业发展、农村公共服务体系和基础设施建设的政策建议，并推动实施；指导农村精神文明和优秀农耕文化建设；组织指导全市农民体育运动。
（三）人事处。承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作；指导全市农业农村人才队伍建设和直属单位岗位聘用工作；归口备案社团管理工作；负责离退休干部工作。
（四）法规处（行政审批处）。组织起草农业农村地方性法规、规章；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉、普法宣传及规范性文件的合法性审查工作；指导农业农村法治建设、平安建设、社会综治和农业综合执法工作；组织开展农业领域“放管服”改革、权责清单制度建设、行政审批制度改革，清理规范行政许可事项；负责农业农村有关行政审批事务。
（五）政策与改革处（市农村集体资产管理办公室）。提出巩固完善农村基本经营制度、农业农村改革发展和促进农民增收的政策建议；承担全面深化农村改革和农村改革试验区建设管理工作；承担农民承包地、农村宅基地和农村集体产权制度改革工作；指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标准、违法用地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用；指导农村集体资产、财务管理、农村产权流转交易管理等工作；负责农经统计有关工作。
（六）发展规划处。起草编制农业农村经济发展战略、中长期发展规划和年度发展计划；提出实施乡村振兴战略的政策建议；组织编制、审核行业（系统）发展专项规划；承担国家现代农业示范区、国家产业园区建设有关工作；组织农业资源区划工作，指导农业区域协调发展；负责农业重大项目管理和考核工作。
（七）计划财务处（审计处）。提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议；提出农业农村投资方向、投资规模的建议并监督实施；编报部门预算并组织执行，参与农村金融、农业保险的政策制定；组织提出农业生产救灾资金安排建议；协助做好农业补贴相关工作；组织做好策应扶持工作；指导监督局系统财务、国有资产和政府采购管理工作；负责财政投资项目统筹整合和资金安排、监督管理、绩效评价工作；负责局直属单位内部审计工作；组织开展系统内财政支农项目资金审计监督；指导全市农业农村系统内部审计工作。
（八）农村合作经济指导处。协调推进乡村治理体系建设；监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理；指导农民合作经济组织、家庭农场和农业社会化服务体系建设等工作；发展农村新型农业经营主体和多种形式适度规模经营。
（九）科技教育处（农业转基因生物安全管理办公室）。管理农业科技成果，指导农业科研、技术引进、成果转化和技术推广工作，推动产业技术体系、农技推广体系建设；监督管理农业转基因生物安全；指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设，组织推动农业绿色发展工作；指导农业教育和职业农民培育。
（十）农产品质量安全监管处（安全生产监管处）。组织实施农产品质量安全监督管理有关工作；指导农产品质量安全领域的监管体系、检验检测体系和信用体系建设；承担农产品质量安全标准、监测、追溯、风险评估等相关工作；承担农产品质量安全突发事件应急处置具体工作；负责协调重大突发事件应急综合管理和局系统内、农业行业安全生产工作。
（十一）乡村产业发展处（市场与信息化处）。起草乡村产业、农产品加工业、休闲农业和农业产业化发展的政策措施，并组织实施；推动农村一二三产业融合发展，构建乡村产业生产和经营体系；指导和监测农业产业化重点龙头企业发展；指导开展农村创业创新工作；编制农业农村经济信息体系建设规划，并组织实施；提出大宗农产品市场体系建设建议；承担农业品牌建设有关工作；组织开展农产品和农业生产资料供求、价格分析和监测预警；指导农产品营销促销工作；发布农业农村经济信息；承担农业统计与经济分析；承担农业农村信息化有关工作；负责国际农业贸易、农业利用外资、农业对外合作载体建设和开放型农业项目的指导管理；负责局系统涉外合作交流事务的组织、审核、报批，协调指导农业农村系统与台湾地区及香港、澳门特别行政区农业交流与合作事务。
（十二）种植业管理处（农药管理处）。起草种植业发展政策、规划；指导粮食蔬菜园艺作物生产、种植业结构和布局调整及标准化生产工作；发布农情信息；组织实施种植业发展重大技术措施、农作物重大病虫害防治和农作物田间生产事故鉴定等有关工作；负责发展节水农业、设施农业、抗灾减灾、植物检疫相关工作；组织实施肥料及农药生产经营的有关监督管理，指导科学合理使用；指导省、市级现代农业产业园区建设与管理工作；承担农作物种业管理工作。
（十三）畜牧兽医管理处（重大动物疫病防控办公室）。起草畜牧业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业发展政策和规划；组织实施兽医医政、兽药、兽医器械监督管理；组织实施畜禽屠宰、饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全监督管理和动物防疫检疫工作；指导畜牧业结构调整、畜禽粪污资源化利用、畜牧屠宰安全生产和重大动物疫病应急处置工作；承担兽药及兽用生物制品安全管理、出入境动物检疫和畜禽种业管理有关工作；负责建立完善重大动物疫情监测预警系统；组织开展有关突发重大动物疫情应急知识和处置技术的培训、重大动物疫情应急响应。指导各地做好重大动物疫病应急处置工作。
（十四）渔业渔政管理处。起草渔业发展政策措施、规划；保护和合理开发利用渔业资源，指导水产健康养殖和水产品加工流通，组织水生动植物病害防控；组织渔业水域生态环境及水生野生植物保护；承担渔业种苗业管理工作；指导渔政渔港监督、渔业安全生产、防灾减灾、渔业船舶检验与监督管理等工作；协调处理湖泊渔业安全搜救工作和渔业安全重大突发事件。
（十五）农田建设管理处。提出全市农田基本建设中长期规划和年度计划并组织实施；对农业围垦开发项目实施行业管理；指导农田建设技术标准和规范制定；承担耕地质量管理、农业综合开发项目、农田整治项目、农田水利建设项目、高标准农田建设项目管理等相关工作；组织开展节水农业灌溉工程项目建设；指导建后管护工作；指导划定农业产品禁止生产区域；参与开展永久基本农田保护。
（十六）扶贫开发处。制定全市扶贫政策建议、扶贫开发规划和年度计划并组织实施；提出财政专项扶贫政策项目管理办法和项目方案，指导项目实施和监管工作；会同有关部门开展扶贫资金绩效考核；配合开展扶贫小额信贷工作；指导资产收益扶贫；承担全市扶贫开发系统培训工作；组织开展扶贫工作的督促检查和脱贫成效考核；研究推进扶贫改革和试验区建设工作。
（十七）社会扶贫促进处。负责推进扶贫开发协调机制，组织协调行业扶贫和社会扶贫；负责“五方挂钩”帮扶工作的组织落实；参与驻县帮扶工作队的组建、管理和考核，指导驻村帮扶工作；指导制定扶贫对象识别和退出标准，指导扶贫统计监测和建档立卡工作；协调指导省重点片区相关帮扶工作。
（十八）农机行业发展处。提出农业机械化、农用航空等发展的政策建议；制定全市农业机械化发展规划并组织实施；组织实施农机购置补贴政策；组织推动农业机械化技术和装备发展工作；组织实施农业机械化作业（秸秆还田）工作；指导农业机械化技术创新和推广应用。
（十九）农机监督管理处。指导全市农机安全生产和农机安全监理工作；指导和监督道路外农机应急管理工作；组织实施农机具报废更新；指导全市农机维修行业管理、试验鉴定与质量监督、农机行业职业技能培训等工作。
机关党委。负责机关和直属单位的党群工作，服务机关精神文明建设。